QIIME - QIIME

QIIME[1] (сокращение от Количественное понимание микробной экологии) представляет собой биоинформатический конвейер, предназначенный для анализа микробный сообщества которые были отобраны через маркерный ген (например. 16S или же 18S гены рРНК) ампликон По сути, конвейер выполняет контроль качества чтения входной последовательности, кластеры нуклеотидные последовательности маркерного гена по запрошенной филогенетический уровень (например, 97% для уровня вида) в OTU (операционные таксономические единицы) или варианты последовательности и таксономически аннотирует их, ища похожие последовательности в справочной таксономической базе данных. Основным выходом конвейера QIIME является таблица функций, в которой описывается количество каждой OTU или варианта последовательности в каждой выборке. Дополнительные инструменты, которые имеют отношение к экологическим аспектам исследуемых образцов, также предоставляются в рамках трубопровода, включая разрежение, альфа-разнообразие и бета-разнообразие расчеты, визуализации, такие как анализ основных координат (PCoA) и многое другое. QIIME представляет собой очень модульный подход и позволяет применять несколько методов на многих этапах анализа. Например, этап кластеризации последовательностей может быть выполнен с использованием либо UCLUST, CD-HIT, ВЗРЫВ QIIME находится в активной разработке с момента его выпуска в 2010 году.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Роб Найт, Дж. Грегори Капорасо (1 мая 2010 г.). "QIIME позволяет анализировать высокопроизводительные данные секвенирования сообщества". Природные методы. 7 (5): 335–336. Дои:10.1038 / nmeth.f.303. ЧВК  3156573. PMID  20383131.

внешняя ссылка