PADI4 - PADI4
Пептидиларгининдезиминаза, тип IV, также известен как PADI4, это человек белок который у человека кодируется PADI4 ген.[5][6]
Молекулярная биология
Человеческий ген находится на коротком плече хромосомы 1 рядом с теломер (1п36.13). Он расположен на Ватсон (плюс) прядь и имеет длину 55 806 базисов. Белок состоит из 663 аминокислот и имеет молекулярную массу 74095 Да.[5]
Функция
Этот ген является членом семейства генов, которое кодирует ферменты, ответственные за превращение аргинин к цитруллин остатки. Этот ген может играть роль в гранулоцит и макрофаг развитие, ведущее к воспалению и иммунному ответу.[6] PADI4 играет роль в эпигенетике, удаление аргининов на гистонах 3 и 4 может действовать антагонистически по отношению к метилированию аргинина (модификации хроматина и их функция, Kouzarides 2007, Cell, обзор)
Белок содержится в олигомерах и связывает 5 кальций ионов на субъединицу. Катализирует реакцию:
- Белок L-аргинин + H2O = белок L-цитруллин + NH3
Субклеточное и тканевое распределение
Обычно он находится в цитоплазма, ядро и в цитоплазматических гранулах эозинофилы и нейтрофилы. Не выражается в периферических моноциты или лимфоциты. Он также проявляется в синовиальных тканях при ревматоидном артрите.
использованная литература
- ^ а б c ENSG00000159339 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025330 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б Накашима К., Хагивара Т., Исигами А., Нагата С., Асага Х, Курамото М., Сеншу Т., Ямада М. (сентябрь 1999 г.). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдезиминазы в клетках HL-60, индуцированных ретиноевой кислотой и 1альфа, 25-дигидроксивитамином D (3)». J. Biol. Chem. 274 (39): 27786–92. Дои:10.1074 / jbc.274.39.27786. PMID 10488123.
- ^ а б «Ген Entrez: пептидиларгининдеиминаза PADI4, тип IV».
дальнейшее чтение
- Накашима К., Хагивара Т., Исигами А. и др. (1999). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдезиминазы в клетках HL-60, индуцированных ретиноевой кислотой и 1альфа, 25-дигидроксивитамином D (3)». J. Biol. Chem. 274 (39): 27786–92. Дои:10.1074 / jbc.274.39.27786. PMID 10488123.
- Чжан К.Х., Е М., Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Genome Res. 10 (10): 1546–60. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК 310934. PMID 11042152.
- Асага Х., Накашима К., Сеншу Т. и др. (2001). «Иммуноцитохимическая локализация пептидиларгининдезиминазы в эозинофилах и нейтрофилах человека». J. Leukoc. Биол. 70 (1): 46–51. PMID 11435484.
- Накашима К., Хагивара Т., Ямада М. (2003). «Ядерная локализация пептидиларгининдезиминазы V и деструкция гистонов в гранулоцитах». J. Biol. Chem. 277 (51): 49562–8. Дои:10.1074 / jbc.M208795200. PMID 12393868.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Сузуки А., Ямада Р., Чанг Х и др. (2003). «Функциональные гаплотипы PADI4, кодирующие цитруллинирующий фермент пептидиларгинин деиминазу 4, связаны с ревматоидным артритом». Nat. Genet. 34 (4): 395–402. Дои:10,1038 / ng1206. PMID 12833157.
- Бартон А., Боуз Дж., Эйр С. и др. (2004). «Функциональный гаплотип гена PADI4, связанный с ревматоидным артритом в популяции Японии, не ассоциирован в популяции Соединенного Королевства». Ревматоидный артрит. 50 (4): 1117–21. Дои:10.1002 / арт.20169. PMID 15077293.
- Чаванас С., Мешин М.К., Такахара Х. и др. (2004). «Сравнительный анализ кластеров генов пептидиларгининдезиминазы мыши и человека выявил высококонсервативные некодирующие сегменты и новый человеческий ген, PADI6». Ген. 330: 19–27. Дои:10.1016 / j.gene.2003.12.038. PMID 15087120.
- Арита К., Хашимото Х., Симидзу Т. и др. (2004). «Структурная основа Са (2 +) - индуцированной активации человеческого PAD4». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (8): 777–83. Дои:10.1038 / nsmb799. PMID 15247907.
- Хоппе Б., Хейманн Г.А., Толу Ф. и др. (2005). «Высокая вариабельность пептидиларгининдеиминазы 4 (PADI4) в здоровой белой популяции: характеристика шести новых вариантов экзонов 2-4 PADI4 с помощью нового подхода на основе гаплотип-специфичного секвенирования». J. Mol. Med. 82 (11): 762–7. Дои:10.1007 / s00109-004-0584-6. PMID 15338034.
- Катберт Г.Л., Дауджат С., Сноуден А.В. и др. (2004). «Удаление гистона препятствует метилированию аргинина». Ячейка. 118 (5): 545–53. Дои:10.1016 / j.cell.2004.08.020. PMID 15339660.
- Ван И, Высоцка Дж, Сайег Дж и др. (2004). «Человеческий PAD4 регулирует уровни метилирования гистонового аргинина посредством деметилирования». Наука. 306 (5694): 279–83. Дои:10.1126 / science.1101400. PMID 15345777.
- Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
- Накаяма-Хамада М., Сузуки А., Кубота К. и др. (2005). «Сравнение ферментативных свойств hPADI2 и hPADI4». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 327 (1): 192–200. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.11.152. PMID 15629448.
- Ли Я. Х., Кунрод С. А., Краус В. Л. и др. (2005). «Регуляция сборки и функции коактиваторного комплекса посредством метилирования аргинина и деметилирования». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 102 (10): 3611–6. Дои:10.1073 / pnas.0407159102. ЧВК 553305. PMID 15731352.
- Кирни П.Л., Бхатия М., Джонс Н.Г. и др. (2005). «Кинетическая характеристика протеина аргининдеиминазы 4: корепрессор транскрипции, участвующий в возникновении и прогрессировании ревматоидного артрита». Биохимия. 44 (31): 10570–82. Дои:10.1021 / bi050292m. PMID 16060666.
- Икари К., Кувахара М., Накамура Т. и др. (2005). «Связь между PADI4 и ревматоидным артритом: исследование репликации». Ревматоидный артрит. 52 (10): 3054–7. Дои:10.1002 / арт.21309. PMID 16200584.
- Чанг X, Хан Дж (2006). «Экспрессия пептидиларгининдезиминазы типа 4 (PAD4) в различных опухолях». Мол. Канцероген. 45 (3): 183–96. Дои:10.1002 / mc.20169. PMID 16355400.
- Пленге Р.М., Падюков Л., Реммерс Э.Ф. и др. (2006). «Репликация предполагаемых ассоциаций генов-кандидатов с ревматоидным артритом в> 4000 образцах из Северной Америки и Швеции: ассоциация восприимчивости с PTPN22, CTLA4 и PADI4». Am. J. Hum. Genet. 77 (6): 1044–60. Дои:10.1086/498651. ЧВК 1285162. PMID 16380915.
- Хоппе Б., Хойпл Т., Грубер Р. и др. (2006). «Подробный анализ вариабельности пептидиларгининдеиминазы 4 типа у немецких пациентов с ревматоидным артритом: исследование случай-контроль». Исследования и лечение артрита. 8 (2): R34. Дои:10.1186 / ar1889. ЧВК 1526594. PMID 16469113.
Галерея PDB | |
|---|---|
|
