Институт генома Макдоннелла - McDonnell Genome Institute

Институт генома Макдоннелла
Учредил1993
Поле исследований
ДиректорДжеффри Милбрандт
Место расположенияСент-Луис, штат Миссури
Принадлежности
Интернет сайтgenome.wustl.edu
Расположение Института генома Макдоннелла

Институт генома Макдоннелла (Институт генома Элизабет Х. и Джеймса С. Макдоннелла III) в Вашингтонский университет в Сент-Луисе, Миссури, является одним из трех Национальные институты здравоохранения США финансируемый крупномасштабный последовательность действий центры в Соединенные Штаты.[1] Связан с Медицинская школа Вашингтонского университета и Онкологический центр Элвина Дж. Ситмана, Институт генома Макдоннелла создает, тестирует и внедряет новые подходы к изучению геномика с целью понимания здоровья и болезней человека, а также эволюция и биология других организмов.

История

Основанный в 1993 году Институт генома Макдоннелла, ранее бывший Центром секвенирования генома и Институтом генома, начинал как ключевой игрок в Проект "Геном человека", что в конечном итоге составляет более 25 процентов готовой последовательности.[2] После завершения рабочего проекта генома человека в 2000 г. и окончательной последовательности генома человека в 2003 г. McDonnell Genome Institute направил свои навыки секвенирования и анализа на определение геномов многих других организмов, чтобы предоставить первые эталонные последовательности для этих видов. .[3] В 2014 году общественные деятели и давние филантропы Элизабет Х. и Джеймс С. Макдоннелл III пообещали выделить 25 миллионов долларов Институту генома, который был переименован в Институт генома Элизабет Х. и Джеймса С. Макдоннелл III в Вашингтонском университете.[4]

Проекты

  • Атлас генома рака сравнивает последовательности ДНК взрослых онкологических больных и их опухолей, чтобы определить генетические изменения, важные для рака.
  • Проект человеческого микробиома секвенирует геномы микробов, влияющих на здоровье и болезни человека.
  • Проект 1000 геномов стремится каталогизировать огромные человеческие вариации, записанные в генетический код.
  • Инициатива по раковому геному Вашингтонского университета предусматривает секвенирование сотен образцов опухолевых и нормальных геномов.
  • Проект генома рака у детей - это сотрудничество с Детская исследовательская больница Св. Иуды для выявления генетических изменений, которые вызывают одни из самых смертоносных онкологических заболеваний у детей в мире.
  • Медицинское секвенирование нацелено на последовательности заболеваний, таких как метаболические синдромы и нарушения зрения, чтобы помочь индивидуализировать лечение пациента.

Сотрудники

В McDonnell Genome Institute работают более 300 преподавателей и сотрудников различных специальностей. Основной персонал включает:

Джеффри Милбрандт, Доктор медицинских наук: Доктор Милбрандт является исполнительным директором Института генома Макдоннелла.

Деятельность

Повторное секвенирование всего генома: Группа повторного секвенирования всего генома занимается разработкой и оптимизацией набора образцов, производственного секвенирования и анализа последовательности для геномных исследований болезней человека, с особым упором на рак.

Сборка De Novo: De Novo Assembly Group отвечает за секвенирование частей геномов различных видов и объединение их как можно более связно и точно.

Микробная геномика: Группа Microbial Genomics Group занимается различными видами деятельности - от секвенирования отдельных бактерий до исследований популяционной геномики видов микробов и анализа сложных метагеномных образцов.

Целевое изменение последовательности: Группа целевого повторного секвенирования секвенирует определенные области геномов, используя несколько различных методов, включая ПЦР, а также методы гибридной селекции.

Стенограммы: Группа Transcriptomes Group работает над различными аспектами секвенирования и анализа транскриптомов на основе секвенирования РНК следующего поколения.

Данные

Институт генома Макдоннелла делает все данные о последовательностях доступными для исследовательского сообщества в ожидании соответствующего анализа качества. Некоторые из этих данных являются предварительными и могут содержать ошибки и пропуски. Данные также изменяются в зависимости от наличия новых версий данных и сборок.

В соответствии с NHGRI В соответствии с политикой выпуска данных все пользователи должны указывать McDonnell Genome Institute в качестве источника данных.[5]

Информационно-пропагандистская деятельность

Информационно-пропагандистский отдел Института генома Макдоннелла был создан в 2003 году в ответ на Национальный институт исследования генома человека План действий меньшинств России.[6] С момента своего создания Outreach проводит мероприятия, которые служат для обучения школьников и общества в целом геномике и роли, которую Институт генома Макдоннелла играет в этой области. Информационно-пропагандистская деятельность привлекла тысячи посетителей посредством туров, презентаций, научных ярмарок и различных выездных мероприятий. Департамент создал возможности в исследованиях в области геномики, целью которых является увеличение числа недостаточно представленных меньшинств, получивших докторские степени в области геномики / генетики. В рамках OGR были реализованы две программы, которые предоставляют исследовательские возможности студентам (бакалавриат) и недавним выпускникам колледжей (экстенсивное обучение).

Удобства

Институт генома Макдоннелла расположен в кампусе Медицинской школы Вашингтонского университета в Сент-Луисе, штат Миссури, по адресу 4444 Forest Park Avenue. Это доступно Метролинк (Центральный вокзал Вест-Энд).

У института генома Макдоннелла есть отдельный центр обработки данных, расположенный через дорогу на 222 Newstead Avenue. ЦОД стоимостью 20 миллионов долларов и площадью 16 000 квадратных футов был построен с полностью резервированными системами питания и охлаждения, способными вместить более 100 стоек с вычислительными системами и системами хранения высокой плотности.

Центр обработки данных McDonnell Genome Institute - первое «зеленое» здание на территории медицинского факультета, получившее сертификат Лидерство в области энергетики и экологического дизайна (LEED) Золотой статус Совета по экологическому строительству США.[7] В дата-центре также находится унаследованное здание площадью 1200 квадратных футов (110 м2) серверная с фальшполами, резервным питанием и охлаждением.

Рекомендации

  1. ^ Арбанас, Кэролайн (30 ноября 2006 г.). «Геномный центр получил 156 миллионов долларов». Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Получено 29 июля, 2012.
  2. ^ Парди, Майкл (21 октября 2004 г.). «Геномный центр вносит основной вклад в« законченную »последовательность генома человека». Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Получено 29 июля, 2012.
  3. ^ Драйден, Джим (23 апреля 2003 г.). «Проект генома человека завершен». Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Получено 29 июля, 2012.
  4. ^ Персонал журнала Outlook. (1 апреля 2015 г.). «Новое имя, новая эра». Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Архивировано из оригинал 3 мая 2015 г.. Получено 1 мая, 2015.
  5. ^ «Подтверждение и расширение политики быстрого выпуска данных NHGRI». genome.gov. Национальный институт исследования генома человека. Февраль 2003 г.. Получено 29 июля, 2012.
  6. ^ «О плане действий NHGRI в отношении меньшинств». genome.gov. Национальный институт исследования генома человека. 23 февраля 2012 г.. Получено 29 июля, 2012.
  7. ^ Арбанас, Кэролайн (21 октября 2009 г.). «Центр обработки данных Genome Center получил сертификат LEED Gold». Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Получено 29 июля, 2012.

внешняя ссылка

Координаты: 38 ° 38′13,7 ″ с.ш. 90 ° 15′24,8 ″ з.д. / 38,637139 ° с.ш. 90,256889 ° з. / 38.637139; -90.256889