Перевернутая клада без повтора - Inverted repeat-lacking clade

Перевернутая клада без повтора
Галега лекарственная2UME.jpg
Галега лекарственная
Научная классификация
Королевство:
Plantae
(без рейтинга):
Покрытосеменные
(без рейтинга):
Eudicots
(без рейтинга):
Росиды
Заказ:
Fabales
Семья:
Fabaceae
Подсемейство:
Faboideae
(без рейтинга):
Хологалегина
(без рейтинга):
Перевернутая клада без повтора

(Войцеховский и другие. 2000,[1] 2004[2]) Войцеховский 2013[3]
Племена[1][4]
Синонимы
  • Galegeae sensu lato Sensu Полхилл, 1981
  • IR-лишенная клады
  • IRLC
  • Травянистая кладовая умеренного пояса
  • THC

В перевернутая клада без повторов (IRLC) это монофилетический клады из цветущее растение подсемейство Faboideae (или Papilionaceae), который включает большинство сельскохозяйственных культур бобовые. Он характеризуется потерей одного из двух инвертированных повторов размером 25 т.п.н. в пластидном геноме, которые встречаются у большинства наземных растений.[5] Последовательно решается в молекулярные филогении.[1][2][4][5][6][7][8][9][10][11][12] Предполагается, что клады отделились от других линий бобовых 39,0 ± 2,4 млн лет назад (в эоцен ).[13] Он включает несколько крупных родов с умеренным климатом, таких как Астрагал Л., Hedysarum Л., Medicago Л., Окситропис ОКРУГ КОЛУМБИЯ., Swainsona Салисб., и Trifolium Л..

Описание

Дальнейшая информация: ДНК хлоропластов § Инвертированные повторы

Эта клада состоит из пяти традиционных племен (Cicereae Алеф. 1859 г., Fabeae Rchb. 1832 г., Galegeae Дюморт. 1827 г., Hedysareae ОКРУГ КОЛУМБИЯ. 1825 г., Trifolieae Endl. 1830 г.) и несколько родов традиционного племени Millettieae (Afgekia Крейб 1927, Callerya Endl. 1843 г., Эндосамара Р. Гисинк 1984, Sarcodum Лур. 1790, Глициния Натт.1818, и возможно Antheroporum Гагнеп. 1915 г.).[3] Название этого клада неофициально и не предполагает каких-либо конкретных таксономический ранг как имена, утвержденные ICBN или ICPN.[3] Клад определяется как:

"Самый инклюзивный корона клада проявление структурной мутации в пластида геном (потеря одной копии области инвертированного повтора размером ~ 25 т.п.н.), гомологичный геному, обнаруженному в Галега лекарственная Л. 1753, Glycyrrhiza lepidota Наттолл 1813, и Vicia faba Л., где эти таксоны являются существующими видами, включенными в кладу кроны, определяемую этим названием ".[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c Войцеховски М.Ф., Сандерсон М.Дж., Стил К.П., Листон А (2000). «Молекулярная филогения« травянистых племен умеренного пояса »папилионоидных бобовых: подход супердерева» (PDF). В Herendeen PS, Bruneau A (ред.). Достижения в систематике бобовых, часть 9. Кью, Великобритания: Королевский ботанический сад. С. 277–298. ISBN  184246017X.
  2. ^ а б Войцеховски М.Ф., Лавин М., Сандерсон М.Дж. (2004). "Филогения бобовых (Leguminosae) на основе анализа пластид matK ген разрешает многие хорошо поддерживаемые субклады в семье ". Am J Bot. 91 (11): 1846–1862. Дои:10.3732 / ajb.91.11.1846. PMID  21652332.
  3. ^ а б c d Войцеховский MF. (2013). «На пути к новой классификации бобовых: наименование клад с использованием нелиннеевской филогенетической номенклатуры». S Afr J Bot. 89: 85–93. Дои:10.1016 / j.sajb.2013.06.017.
  4. ^ а б Кардосо Д., Пеннингтон Р. Т., де Кейрос Л. П., Боутрайт Дж. С., Ван Вик Б. Е., Войцеховски М. Ф., Лавин М. (2013). «Реконструкция глубоко разветвленных отношений папилионоидных бобовых». S Afr J Bot. 89: 58–75. Дои:10.1016 / j.sajb.2013.05.001.
  5. ^ а б Лавин М., Дойл Дж. Дж., Палмер Дж. Д. (1990). "Эволюционное значение потери инвертированного повтора хлоропласт-ДНК в подсемействе Papilionoideae Leguminosae" (PDF). Эволюция. 44 (2): 390–402. Дои:10.2307/2409416. HDL:2027.42/137404. JSTOR  2409416. PMID  28564377.
  6. ^ Листон А. (1995). «Использование полимеразной цепной реакции для исследования потери инвертированного повтора в геноме хлоропластов бобовых». В Crisp MD, Doyle JJ (ред.). Достижения в систематике бобовых, часть 7: Филогения. Кью, Великобритания: Королевский ботанический сад. С. 31–40. ISBN  0947643796.
  7. ^ Кесс Э, Винк М (1996). «Молекулярная эволюция бобовых: филогения трех подсемейств на основе rbcL-последовательности ». Biochem Syst Ecol. 24 (5): 365–378. Дои:10.1016/0305-1978(96)00032-4.
  8. ^ Сандерсон MJ, Войцеховски MF (1996). "Показатели диверсификации клады бобовых культур умеренного климата: существует ли" так много видов " Астрагал (Fabaceae)? ". Am J Bot. 83 (11): 1488–1502. Дои:10.2307/2446103. JSTOR  2446103.
  9. ^ Дойл Дж. Дж., Дойл Дж. Л., Балленджер Дж. А., Диксон Э., Кадзита Т., Охаши Х (1997). "Филогения гена хлоропласта rbcL в Leguminosae: таксономические корреляции и понимание эволюции клубеньков ". Am J Bot. 84 (4): 541–554. Дои:10.2307/2446030. JSTOR  2446030. PMID  21708606.
  10. ^ Pennington RT, Lavin M, Ireland H, Klitgaard B, Preston J, Hu JM (2001). «Филогенетические взаимоотношения базальных папилионоидных бобовых культур на основе последовательностей хлоропластов. trnL интрон ". Syst Bot. 26 (3): 537–556. Дои:10.1043/0363-6445-26.3.537 (неактивно 09.09.2020).CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (связь)
  11. ^ МакМахон ММ, Сандерсон МД (2006). «Филогенетический суперматричный анализ последовательностей GenBank из 2228 папилионоидных бобовых». Сист Биол. 55 (5): 818–836. Дои:10.1080/10635150600999150. PMID  17060202.
  12. ^ Кардосо Д., де Кейрос Л.П., Пеннингтон Р.Т., де Лима ХК, Фонти Э., Войцеховски М.Ф., Лавин М. (2012). «Пересмотр филогении папилионоидных бобовых: новые идеи, полученные на основе тщательно отобранных ранних ветвящихся линий». Am J Bot. 99 (12): 1991–2013. Дои:10.3732 / ajb.1200380. PMID  23221500.
  13. ^ Лавин М., Херендин П.С., Войцеховский М.Ф. (2005). «Анализ темпов эволюции Leguminosae предполагает быструю диверсификацию клонов в третичном периоде». Сист Биол. 54 (4): 575–94. Дои:10.1080/10635150590947131. PMID  16085576.

внешняя ссылка