Сюжет с двойным фонариком - Dual-flashlight plot

Диаграмма с двумя фонарями, показывающая набор данных высокопроизводительного скрининга.

В статистике сюжет с двойным фонариком представляет собой тип диаграммы рассеяния, в которой стандартизованное среднее значение контрастной переменной (SMCV ) наносится на график относительно среднего значения контрастная переменная представляет интересующее сравнение.[1] Обычно используемый график с двойным фонариком предназначен для разницы между двумя группами в экспериментах с высокой пропускной способностью, таких как микрочипы и высокопроизводительный скрининг исследования, в которых мы строим ССМД по сравнению со средней кратностью изменения журнала на у- и Икс-axes, соответственно, для всех генов или соединений (таких как миРНК или же маленькие молекулы ) исследовано в эксперименте.[1] В целом точки на графике с двумя фонарями выглядят как лучи фонарика с двумя головками, отсюда и название сюжета с двумя фонариками.[1]

С помощью графика с двойным фонариком мы можем увидеть, как гены или соединения распределяются по каждой категории по величине эффекта, как показано на рисунке. Между тем, мы также можем увидеть среднюю кратность изменения для каждого гена или соединения. Сюжет с двойным фонариком похож на сюжет вулкана. В сюжет вулкана, то p-значение (или q-значение[требуется разъяснение ]), а не SMCV или SSMD, отображается в зависимости от среднего кратного изменения [2].[3] Преимущество использования SMCV по сравнению с p-значением (или q-значением) заключается в том, что, если существуют какие-либо ненулевые истинные эффекты для гена или соединения, оцененное SMCV переходит к его значению популяции, тогда как p-значение (или q- значение) для проверки отсутствия средней разницы (или среднего значения нулевого контраста) стремится к нулю при увеличении размера выборки.[4] Следовательно, значение SMCV сравнимо, тогда как значение p-value или q-value несопоставимо в экспериментах с различным размером выборки, особенно когда многие исследованные гены или соединения не имеют точно нулевого эффекта. Сюжет с двумя фонарями имеет то же преимущество, что и SMCV, по сравнению с сюжет вулкана.

Смотрите также

дальнейшее чтение

Рекомендации

  1. ^ а б c Чжан XHD (2010). «Оценка размера гена или эффектов РНКи в многофакторных высокопроизводительных экспериментах». Фармакогеномика. 11 (2): 199–213. Дои:10.2217 / PGS.09.136. PMID  20136359.
  2. ^ Джин В., Райли Р.М., Вольфингер Р.Д., Уайт КП, Пассадор-Гургель Г., Гибсон Г. (2001). «Вклад пола, генотипа и возраста в транскрипционную изменчивость у Drosophila melanogaster». Природа Генетика. 29 (4): 389–95. Дои:10,1038 / ng766. PMID  11726925. S2CID  16841881.
  3. ^ Цуй X, Черчилль Г.А. (2003). «Статистические тесты для дифференциальной экспрессии в экспериментах с микрочипами кДНК». Геномная биология. 4 (4): 210. Дои:10.1186 / gb-2003-4-4-210. ЧВК  154570. PMID  12702200.
  4. ^ Чжан XHD (2010). «Строго стандартизированная разница средних, стандартизованная разница средних и классический t-тест для сравнения двух групп». Статистика в биофармацевтических исследованиях. 2 (2): 292–99. Дои:10.1198 / сбр.2009.0074. S2CID  119825625.